Počítání kolonií kvasinek na snímcích Petriho misek

Charakteristika

V balíčku je demo počítání kolonií kvasinek na snímcích Petriho misek. Algoritmy, obsažené v demu, jsou součástí softwarového nástroje, umožňujícího určit relativní plochu pokrytí misky koloniemi, odhadnout jejich počet a pomocí jednoduchého grafického nástroje tento odhad upřesnit.

Algoritmy, použité v demobalíčku, provedou po nezbytném předzpracování obrazu odhad počtu kolonií. Ve výpočtu je zabudováno několik filtrů, jejichž účelem je snížit šum odhadu a oddělit izolované kolonie kruhového tvaru od shluků kolonií. Pro shluky je následně proveden odhad počtu kolonií, obsažených v každém z nich. Použitý způsob zpracování je popsán v přiložené dokumentaci.

Výstupem dema, obsaženého v balíčku, jsou dva snímky: původní snímek s vyznačením středu misky a oblasti zájmu (region-of-interest, ROI) a obraz samotné oblasti zájmu, obsahující jednak značky pro započítané kolonie, jednak údaj o relativní ploše porostu a odhadovaném počtu kolonií.

Popis balíku

Název Počítání kolonií kvasinek na snímcích Petriho misek
Jméno souboru counting.zip
Licence GPL
(See the 'gpl.txt' file in the package.)
Obsah balíku ZIP archiv obsahující demo běžící v prostředí Matlab, ukázkové snímky a dokumentaci.
Velikost 9535905 Bytes
Použité nástroje
& platformy		 Matlab 2008b, Image Processing Toolbox
Poznámky k instalaci
  • Stáhněte balíček
  • Rozzipujte ho
  • Otevřte adresář Demo v prostředí Matlab
  • Demo spusťte voláním funkce demo.m
Viz soubor 'doc/sw_petri_counting.pdf', obsažený v balíčku.

Kategorie Výsledku

Číslo projektu Sekce kontraktu Rok Kategorie v RIVu Komentář
1M0567 VS1 2009 S Functional sample (demo)

Kontaktní osoba

V případě potřeby kontaktujte odpovědnou osobu, kterou je Zdenek Pohl.